Javier Fernández-Ruiz obtuvo su doctorado en Bioquímica en 1986 en la Universidad Complutense de Madrid (UCM), España. Actualmente es Catedrático del Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la Facultad de Medicina de la UCM.
Junto a su actividad docente en las áreas de Neuroquímica y Neurobiología, tanto en grado como en maestría, ha estado trabajando durante los últimos 39 años en diferentes enfermedades del sistema nervioso central, habiendo publicado 242 artículos de investigación y 44 artículos de revisión en revistas internacionales (Índice H=69), 42 capítulos en libros nacionales e internacionales y 8 patentes internacionales.
Ha impartido conferencias en diferentes universidades y centros de investigación nacionales e internacionales, así como en congresos nacionales e internacionales. Actualmente es el investigador principal del grupo de investigación “Cannabinoides y Trastornos Neurológicos” de la UCM, y también en dos redes de investigación cooperativa de excelencia en España:CIBERNED e IRYCIS. La principal actividad de este grupo es el estudio del potencial terapéutico de los cannabinoides en enfermedades neurodegenerativas, actividad dirigida al diseño, síntesis y caracterización biológica de nuevos cannabinoides con perfil neuroprotector, y para testar su eficacia terapéutica a nivel preclínico y clínico. Este grupo está colaborando con varios grupos nacionales e internacionales, y empresas farmacéuticas (GW Pharma, Emerald Health Pharmaceuticals, Symrise, ANKAR Pharma y Roche). Ha participado en numerosos proyectos de investigación, actuando como investigador principal en muchos de ellos, incluyendo 8 contratos de investigación con empresas farmacéuticas.
Actualmente es miembro del Comité Asesor Científico de Emerald Health Biotechnology- Spain y Linneo Health SL, y miembro del comité editorial del British Journal of Pharmacology. Ha sido presidente de la Sociedad Internacional de Investigación de Cannabinoides (ICRS por sus siglas en inglés) (2002-2003) y miembro de su comité ejecutivo (2001-2004), así como miembro fundador de la Sociedad Española de Investigación de Cannabinoides (SEIC) y miembro de su comité ejecutivo (2000-2013) sirviendo como presidente durante 2007-2011.